1 绪论1.1研究背景随着计算机科学和生物信息学的迅猛发展，越来越多的生命科学数据被挖掘出来，常规药物发现过程面临投资大和回报周期长的问题，计算机模拟药物设计通过辅助药物发现的靶标识别与确证、先导化合物发现与优化、临床前研究等模块，大大节省了药物发现的时间与资金投入，成为生命科学领域最为前沿的技术之一。
1.2 反向虚拟筛选技术虚拟筛选( virtual screening) 方法现已成为新药研发过程中不可或缺的重要技术。
反向虚拟筛选( inverse virtual screening，IVS) 技术是对于给定的配体分子，从数据库中挑选出能与之结合的靶点蛋白质的方法。
IVS以下几个方面有重要的应用前景: 药物靶点确定、老药新用以及药物副作用/毒理研究。
1.3反向分子对接技术目前已经发展出众多不同种类的 IVS 方法，根据方法的不同大致可以分为以下几类: 基于配体的方法、结合位点比较 、蛋白质－配体相互作用指纹分析以及基于分子对接的方法。
相比较前三种方法而言，基于分子对接的方法是目前唯一一种无须已知靶点的IVS 方法。
因此该方法正受到越来越多研究人员的关注。
对于已知结构的一对受体和配体分子，可以通过物理化学原理和科学计算算法，预测受体和配体分子间的结合模式及结合自由能，这类方法被称为分子对接方法． 分子对接方法的思想可以追溯到 100 多年前 Fischer提出的锁钥模型，即受体与配体的结合是一个几何匹配的过程。
简而言之，基于分子对接的 IVS 方法是指对于给定的配体分子，运用分子对接程序，将该小分子与数据库中的蛋白质受体进行逐个对接，并输出对应的打分分值，然后根据该分值对数据库中的蛋白质受体进行排序，排在前面的就是该配体分子的潜在靶点。
因此基于分子对接的 IVS 方法一般由以下两大部分构成: 用作搜索引擎的分子对接方法和蛋白质靶点数据库。
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